Après les mésaventures rencontrées avec Krazy-8 et Tuco Salamanca, Walter et Jesse décident de monter leur propre affaire. Mais alors que l’empire d'Heisenberg s’étend de plus en plus, un deal tourne mal et les ennuis commencent. Sur les conseils de Saul Goodman, son avocat véreux, Walter entre en contact avec le propriétaire d’une chaîne de restaurant qui pourrait l’aider à écouler ses stocks de drogue. Pendant ce temps, Skyler commence à avoir des doutes sur son mari tandis que Jesse sombre peu à peu dans l’héroïne.
Épisode 1
Alors qu'ils planifient leurs derniers gros deals, Walt et Jesse craignent que leur unique client ne les tue quand bon lui semblera.
Épisode 2
Tandis que la DEA mène une véritable chasse à l'homme pour mettre la main sur Tuco, Skyler demande à Hank de l'aider à retrouver Walt.
Épisode 3
Alors que Hank est à deux doigts de percer la petite activité de Walt, ce dernier décide d'élaborer un plan pour brouiller les pistes.
Épisode 4
Alors que Walt essaie de combler le gouffre qui s'est creusé entre Skyler et lui, Jesse se retrouve sans abri après que ses parents l'ont mis à la porte.
Épisode 5
Pendant que Hank essaie de se ressaisir après sa rencontre avec Tuco, Jesse décide de recruter parmi ses amis pour écouler davantage de stock.
Épisode 6
Tandis que Jesse part à la recherche des toxicos qui ont volé la marchandise de Skinny Pete, Walt doit s'expliquer sur la source de ses revenus.
Épisode 7
Alors que Walt se réjouit de la réputation grandissante de Jesse et décide de développer leur affaire, Hank rend une petite visite au bureau de la DEA d'El Paso.
Épisode 8
Quand Badger se fait coincer par la police, Walt et Jesse décident de lui trouver un avocat.
Épisode 9
Pensant vivre ses dernières heures, Walt décide d'assurer une réserve d'argent suffisante à sa famille en entraînant Jesse dans un marathon de fabrication de meth.
Épisode 10
Après l'annonce du début de rémission de son cancer, Walt s'en prend à son beau-frère et cherche à réparer tout ce qui peut l'être dans la maison.
Épisode 11
À quelques jours de son accouchement, Skyler se sent perdue, tandis que la mort d'un dealer en pleine rue contraint Walt à chercher un lieu sûr où écouler la came.
Épisode 12
Dans cet épisode, Walt doit choisir entre assurer la livraison d'un gros deal et se rendre au chevet de sa femme sur le point d'accoucher.
Épisode 13
Alors qu'il se prépare à passer sur le billard, Walt tente de reprendre sa vie et celle de Jesse en main, et cherche à cacher sa source de revenus à Skyler et Walt Jr.